証券会社に株券を預けてある場合
証券会社の株券保護預かり
株式不所持制度以外にも、株主の手元に株券が無く、証券会社が所持している「保護預かり」という制度があります。
残念ながら、これも株券不所持制度と同様、タンス株と同じ扱いになります。（つまり、法律的には株券は株主の手元にあるとみなされる訳です）
ですので、同様に特別口座での管理となり、株主としても権利自体は保護されますが、株式の取引には制限が発生します。
保護預かり措置の場合の特例措置
証券会社からほふりへの委託
本来は、株券の電子化への手続き（ほふりへの預託）は株主自身からの指示で行なわなければいけないのですが、株券の保護預かりの場合、 各証券会社の判断で株券をほふりに預けることができる期間が以下の様に定められています。
電子化一斉移行日から１ヶ月〜２週間前の前日まで各証券会社の判断のみで株券をほふりに預託する事ができる。
勿論、この預託が為された場合は株主に対して通知が行きます。
証券会社任せはＮＧ
この特例措置があるから株券はそのままにしても良いという事はありません。この措置はあくまでも特例であり、証券会社の任意で ほふりに預託するか否かが分かれる為です。
その為、ほふりに預けられるかどうかが判りませんし、仮にほふりに預けられなかったからといって、証券会社を責める事はできません。 （しつこいようですが、「任意」ですので）
ですので、必ずご自身で確認させる事をお勧め致します。